Le rapport final, daté de septembre 2026, formule 22 recommandations réparties en cinq axes. Sa ligne directrice est la suivante : ni nationalisation, ni privatisation. Les organismes complémentaires (OC) seraient reconnus comme de véritables acteurs du système de santé, rebaptisés « organismes d’assurance santé » (ODAS). Ils seraient dotés de responsabilités élargies (compétences renforcées, meilleur accès aux données à des fins de prévention, financement intégral de certains segments de dépense) dans une gouvernance rénovée, en contrepartie d’exigences de transparence accrues. Le contrat responsable serait par ailleurs remplacé par un contrat « essentiel », recentré sur un panier de soins pertinents.

Parmi les autres mesures phares figurent :

• une trajectoire pluriannuelle de financement votée par le Parlement ;
• le transfert aux employeurs des indemnités journalières des premiers jours d’arrêt, remboursées par les organismes au titre de la prévoyance ;
• la généralisation, par la négociation collective, d’un socle minimal de garanties de prévoyance pour tous les salariés ; 
• l’engagement des ODAS à consacrer au moins 2 % de leurs cotisations à la prévention ;
• un accès élargi aux données de santé (SNDS), assorti d’une interdiction de toute sélection du risque ;
• un plan commun de lutte contre la fraude ;
• la création d’un fonds de péréquation, alimenté par une contribution sur tous les contrats y compris ceux des actifs, pour réduire le coût des contrats des retraités modestes ;
• une transparence renforcée sur les frais de gestion, notamment ceux liés aux intermédiaires.

Les auteurs présentent ces 22 recommandations comme indissociables et mettent eux-mêmes en garde contre la tentation d’en extraire certaines mesures pour les intégrer au PLFSS. Ce risque est réel : les mesures qui transfèrent des charges vers les organismes complémentaires pourraient être reprises isolément.

S’agissant de l’architecture du système, la mission a examiné plusieurs scénarios, en s’appuyant sur les chiffrages d’un rapport IGF-IGAS publié en même temps :

• La privatisation de l’assurance maladie a été écartée.
• La « grande Sécu » a été écartée, en raison de son coût pour les finances publiques, estimé à 22,5 Md€ par an.
• Le bouclier sanitaire (plafonnement des restes à charge après intervention de l’AMO) n’a pas été retenu en l’état et renvoyé à une instruction approfondie, compte tenu de sa complexité et d’un délai de mise en œuvre d’au moins trois ans.
• La suppression des avantages sociaux et fiscaux des contrats collectifs a été jugée peu réaliste par la mission. Mais, chiffré dans le cadre du rapport IGF-IGAS, la suppression d’une partie des avantages sociaux et fiscaux attachés aux contrats collectifs pourrait ressurgir dans un PLFSS futur, par exemple.
• Le décroisement est le seul scénario retenu, et de façon partielle. Il consisterait à transférer intégralement aux ODAS le financement de l’optique, des audioprothèses puis du transport sanitaire programmé.